最常用的显微镜是亮场显微镜、相位显微镜或荧光显微镜，它们为葡萄酒酿造商或啤酒酿造商提供了观察不同类型细菌、麦芽汁、霉菌和酵母细胞的能力。
在啤酒厂，啤酒显微镜将主要用于识别和计数酵母细胞血细胞计数器放在显微镜的舞台上。酿酒师需要能够在葡萄酒显微镜下区分细菌、酵母和真菌。此外，能够在显微镜下从植物细胞、晶体、过滤剂和细化剂等碎片中识别生物。
相衬显微镜用于增加对比(与未染色的标本)，以检查葡萄酒和啤酒酿造过程中的细菌和酵母。
有关啤酒酿造方法的详细资料，请参阅Braukaiser:用于酿造的显微镜．
有关葡萄酒酿造方法的更详细信息，请参阅加州大学戴维斯分校酿酒学:酒厂的显微技术．
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